Dakwah Naqsyabandiyah terus meluas dan berjalan turun-temurun hingga kini, bersamaan alih generasi para Syekh guru tarekatnya. Setiap Syekh pasti memiliki khâlifah dan badal beberapa orang, lalu di antara mereka ada yang diangkat menjadi syekh baru dengan tugas di tempat lain. Demikian seterusnya sehingga pengaruh kehidupan sufi dapat dipertahankan. Di Indonesia cabang paling besar terdiri dari Naqsyabandiyah Khalidiyah, Naqsyabandiyah Mazhariyah dan Qadiriyah wa Naqsyabandiyah. Sejak akhir abad 20 berkembang di Turki cabang Naqsyabandiyah Khalidiyah Haqqaniyah yang segera telah mendunia, namun yang satu ini di tanah air masih dini perkembangannya.